Il comune di Siracusa si estende lungo la costa della Sicilia orientale, sul promontorio che chiude a meridione il golfo di Augusta e forma a sua volta, insieme alla penisola della Maddalena, un’insenatura minore e ben riparata che ospita il porto cittadino.

Il centro abitato è diviso in una parte antica sull’isola di Ortigia, collegata alla Sicilia da un ponte, e in una più moderna antistante l’isolotto. Il territorio comunale comprende, oltre alla vasta area costiera a settentrione e a meridione dell’abitato, anche la zona che da Siracusa si estende nell’entroterra, a ridosso dei comuni di Floridia, Noto e Canicattini Bagni. Presso il fiume Ciane, che attraversa il siracusano, è stata istituita nel 1984 la Riserva naturale del fiume Ciane e Saline, volta a tutelare la pianta di papiro che cresce abbondante lungo le rive del corso d’acqua; benché sia ancora incerta l’origine della pianta (autoctona o importata), l’utilizzo del papiro a Siracusa risale a tempi antichi e se ne custodisce la memoria sia nell’Istituto internazionale del Papiro che al Museo del Papiro. Altro obiettivo della riserva è la salvaguardia delle saline a ridosso della città, in attività già nel XVII secolo e dismesse negli anni Ottanta del Novecento. L’Area marina protetta del Plemmirio, invece, si trova in prossimità della penisola della Maddalena, e tutela i fondali siracusani ricchi di flora e di fauna marina, nonché di antichi e numerosi reperti archeologici. All’interno della città sorge la balza dell’Acradina che conferisce al paesaggio urbano ampie e frastagliate pareti di roccia calcarea, conosciuta come pietra bianca di Siracusa. In questa balza, si sviluppa la cava dei Cappuccini. Le cave di pietra sono una caratteristica tipica del paesaggio siracusano che ne possiede numerose e antichissime. Il territorio è infine caratterizzato dalla presenza di numerose grotte. In contrada Grotta Perciata, al limite del territorio comunale, si trova una delle grotte carsiche più importanti della Sicilia per la quale è stata istituita una riserva protetta: la Riserva naturale integrale Grotta Monello. Essa è situata tra valli fluviali e versanti scoscesi, spesso proibitivi e, al suo interno, si sviluppano notevoli stalattiti e stalagmiti delle più svariate forme. A 150 metri dalla costa sud di Siracusa, troviamo l’isola di Ognina.